La Copa Argentina 2015/2016 Sancor Seguros, un torneo nacional y federal, se jugará en todo el país, por 64 equipos, 30 de la A y el resto de las categorías del Ascenso, entre los cuales se encuentra el Lobo.
La Copa Argentina es un verdadero “clavo” para el equipo jujeño, ya que nunca pudo superar la primera fase. En la primera edición, perdió ante Sarmiento de Chaco, por 2 a 0; después cayó por penales con Atlético Tucumán, igual que con Estudiantes de Buenos Aires, en la provincia de Salta. Y la última vez no pudo ante Tigre, que le ganó por la mínima diferencia.