Las carreras que se dictan en sede central son Ingeniería Agronómica, Licenciatura en Bromatología y Licenciatura en Ciencias Biológicas. Mientras que en la Expansión Académica San Pedro se pueden cursar Ingeniería Agronómica, Tecnicatura Universitaria en Producción Lechera y Tecnicatura Universitaria Forestal.
Por mayor información sobre las mismas, se puede acceder al sitio web http://www.fca.unju.edu.ar/. Para realizar las inscripciones, los interesados deben preinscribirse en http://www.alumnos.fca.unju.edu.ar/ingreso.html y seguir las indicaciones correspondientes.